经国家人事部批准，2001年哈尔滨商业大学设立药物研究所博士后科研工作站，依托于哈尔滨商业大学药物研究所，2009年成立中药学博士后科研流动站，依托于中药学科。本学科拥有一个抗肿瘤天然药物教育部工程研究中心，3个省级工程研究中心，包括：黑龙江省抗肿瘤创新药物工程研究中心（2011年黑龙江省发展和改革委员会认定），黑龙江省生命科学与环境科学研究中心（2004年黑龙江省科技厅批准成立），黑龙江省天然药物与仿生药物校企共建工程技术研发中心（2006年黑龙江省教育厅批准成立）；5个省部级重点实验室，包括：黑龙江省肿瘤预防与抗肿瘤药物研究重点实验室（2004年黑龙江省科技厅批准成立），黑龙江省预防与治疗老年性疾病研究重点实验室（2017年黑龙江省科技厅批准成立），黑龙江省天然药物与仿生药物工程实验室（2011年黑龙江省发展和改革委员会认定），省部共建抗肿瘤药物研究重点实验室（2006年国家财政部与黑龙江省共建），黑龙江省普通高等学校肿瘤预防与抗肿瘤药物研究重点实验室（2007年）。2013年经全国标准样品技术委员会审定，“黑龙江省天然药物与仿生药物工程实验室”成为“国家标准样品定值实验室”，此为我校第一个具有该资质的国家级实验室。

在人才培养平台方面，目前拥有3个科学研究基地，包括：“黑龙江省博士后创新创业实践基地”（2013年黑龙江省人社厅批准设立），“黑龙江省博士后科研基地”（2004黑龙江省人社厅批准设立）和“黑龙江省研究生培养创新示范基地”（2004黑龙江省教育厅批准设立）。2006年，中心博士后科研工作站获得“黑龙江省优秀博士后科研工作站”称号。