哈尔滨商业大学药学院前身为黑龙江商学院中药系，1976年开办全国第一批中药制药本科专业。现有制药工程、中药学和药学三个本科专业，其中制药工程专业为国家一流专业建设点、国家特色专业、省级重点专业，中药学专业为省一流专业建设点。

学院现有教职工92人，其中博士后合作导师10余人，博导、硕导60余人；拥有国务院特贴专家3人、龙江学者2人、省政府特贴专家2人、省学科带头人1人、后备带头人2人、省优秀硕士生导师2人、省级教学名师1人、省青年科技奖获得者1人、省新世纪优秀人才支持计划获得者1人、省师德师风先进个人1人、省高层次人才23人（C类1人、D类5人、E类17人）。学科“中药学”团队被评为黑龙江省领军人才梯队“535工程”（第二层次），拥有2个黑龙江省高校科技创新团队和2个黑龙江省优秀研究生导师团队。2021年学科“中药药效物质基础及作用机制导学团队”入选庆祝建党100周年黑龙江省优秀研究生导师团队，2023年学科“寒地龙药药效物质基础及作用机制研究”入选黑龙江省优秀研究生思政导学团队；2024年学院获评黑龙江省先进教育集体称号。

目前，学院拥有“中药学”一级学科博士点，“中药学”一级学科硕士点，中药学专业学位和生物与医药（制药工程方向）工程硕士授权点；拥有1个博士后流动站和1个博士后科研工作站；此外，拥有 “省博士后科研基地”、“省研究生培养创新示范基地”、“省博士后创新创业实践基地”等3个省级人才培养基地。

药学院拥有2个国家级科研平台、2个省部级工程研究中心、5个省级重点实验室、3个联合实验室、3个省级人才培养基地以及30多个实习基地。

近五年，学院教师主持科研项目近200项，其中国家级项目10项，包括中国家自然科学基金-区域创新发展联合基金项目（子课题）1项、国家重点研发计划（子课题）1项、国家自然科学基金面上项目2项、青年项目6项；中国博士后项目5项；省级项目24项，包括黑龙江省重点研发计划、应用技术研究与开发计划项目8项，黑龙江省自然科学基金优青项目2项，黑龙江省自然科学基金项目14项；厅局级项目104项，包括中央支持地方高校改革发展资金3项，学科协同创新特区建设项目1项，黑龙江省“双一流”学科协同创新成果项目4项，横向课题及产业化项目44项。获得各级科研奖励23项，其中黑龙江省科学技术奖4项，含黑龙江省科学技术奖二等奖3项，三等奖1项；厅局级奖励16项，其中黑龙江省高校科学技术特等奖1项，一等奖4项，二等奖1项，三等奖1项，黑龙江省中医药科学技术一等奖8项，2等奖1项，其他奖励3项。发表北大核心及以上学术论文300余篇，其中SCI检索152篇，EI 检索13篇；出版著作17部；获得授权发明专利66项。

药学院现有实验室总面积近6000平方米，仪器设备总值6000余万元，拥有测试中心、天然产物提取分离纯化实验室等各类科研实验室40余个。此外，学院拥有一个天然药物研发中试平台，包括提取纯化生产线、软胶囊生产线、口服液生产线、硬胶囊生产线、片剂生产线等5条生产线，为新药和保健品的研发和相关药物生产中的技术攻关提供支撑平台。

多年来，学院共培养本科生6000余人，博士、硕士、博士后1600余人。现有在校硕士、博士350余人，本科生1200余人，本科生就业率在95%以上，近五年考研率在30%以上。

药学院近年来参与了《黑龙江省中医药产业发展规划》《黑龙江省“十四五”中医药发展规划》《黑龙江省“十四五”生物经济发展规划》《黑龙江省人参产业发展规划（2021-2025）》《黑龙江省刺五加产业发展规划（2021-2025）》《黑龙江省汉麻产业发展规划（2021-2025）》《黑龙江省生物经济科技攻关三年行动计划》以及黑龙江省道地药材团体质量标准等的制定,为我省中医药产业、生物产业发展做出了贡献。